博极群书，勤于著述。阮元曾聘他为“诂经精舍”教习，主讲钟山书院，以学术渊博称。性嗜聚书，闻人藏有善、秘本，借抄无虚日。金石文字拓本，古鼎彝书画，无不考其源委。家有藏书楼“平津馆”、“问字堂”、“孙氏祠堂”、“廉石居”等，贮书极富，以校勘精审见称。编撰有《孙氏家藏书目》，分外编3卷、内编4卷。《廉石居藏书记》1卷、《平津馆鉴藏书籍记》3卷，续编1卷，补遗1卷。嘉庆五年（1800），刊行《孙氏词堂书目》7卷。金石学代表作《寰宇访碑录》12卷，嘉庆七年成书。为收录石刻种类较多的一部石刻文献目录。全书依时代著录，周秦至元代石刻8 000余种，每件石刻注明撰人、书人、书体。编辑和刊刻文献甚多，嘉庆中刻有《岱南阁丛书》16种128卷，主要收集自著诗文集和校订的《古文尚书》、《孙子》和地理、刑律方面的古籍。《平津馆丛书》10集32种，主要为辑校的诸子、医学、历史等方面的古籍，选择精严，校勘精审。藏书印有“东方廉使”、“东鲁观察使者”、“伯渊”、“孙氏祠藏”、“孙忠愍侯祠堂藏书”、“都官”、“星衍私印”、“芳茂山人”、“五松书屋”、“太史之章”、“青溪寓公”、“绿衣执法大夫印”、“丁未对策上第”、“东方都漕使者”等。著述宏富，有《尚书近古文注疏》、《周易集解》、《考注春秋别典》、《尔雅广雅训诂韵编》、《晏子春秋音义》、《金石萃编》、《史记天官书考证》、《明堂考》、《续古文苑》、《平津馆文稿》、《芳茂山人诗录》、《仓颉篇》等。

　　家有藏书楼“平津馆”，贮书极富，以校勘精审见称．编撰有《孙氏家藏书目》，分外编3卷、内编4卷。《廉石居藏书记》1卷、《平津馆鉴藏书籍记》3卷，续编1卷，补遗1卷。嘉庆五年(1800年)，刊行《祠堂书目》。辑刊文献甚多，嘉庆中刻有《岱南阁丛书》、《平津馆丛书》。《岱南阁丛书》主要收集自著诗文集和校订的《古文尚书》、《孙子》和地理，刑律方面的古籍。《平津馆丛书》10集32种，主要为辑校的诸子、医学、历史等方面的古籍，选择精严，校勘精审。著述宏富，有《尚书今古文注疏》、《寰宇访碑录》、《周易集解》、《考注春秋别典》、《尔雅广雅训诂韵编》、《晏子春秋音义》、《金石萃编》、《史记天官书考证》、《建立伏博士始末》、《明堂考》、《续古文苑》、《平津馆文稿》、《芳茂山人诗录》、《仓颉篇》、《神农本草经》等。