天启二年，倪元璐成进士，改庶吉士，授编修。倪元璐、黄道周、刘理顺俱为名臣袁可立门生，死事最为悲壮，天下公认忠烈。倪元璐、黄道周、王铎皆于天启二年成进士，其时孙承宗、袁可立等为考官，后二公联兵抗清共筑辽海屏障，且二公皆不为阉党所喜，时人有指其为孙党者自此始。元璐曾为袁可立撰有《袁节寰大司马像赞》，言语间充溢着对先师的敬仰。册封德府，移疾归。还朝，出典江西乡试。暨复命，则庄烈帝践阼，魏忠贤已伏诛矣。杨维垣者，逆奄遗孽也，至是上疏并诋东林、崔、魏。元璐不能平，崇祯元年正月上疏曰：臣顷阅章奏，见攻崔、魏者必与东林并称邪党。夫以东林为邪党，将以何者名崔、魏？崔、魏既邪党矣，击忠贤、呈秀者又邪党乎哉！东林，天下才薮也，而或树高明之帜，绳人过刻，持论太深，谓之非中行则可，谓之非狂狷不可。且天下议论，宁假借，必不可失名义；士人行己，宁矫激，必不可忘廉隅。自以假借矫激为大咎，于是彪虎之徒公然背畔名义，决裂廉隅。颂德不已，必将劝进；建祠不已，必且呼嵩。而人犹且宽之曰：“无可奈何，不得不然耳。”充此无可奈何、不得不然之心，又将何所不至哉！乃议者以忠厚之心曲原此辈，而独持已甚之论苛责吾徒，所谓舛也。今大狱之后，汤火仅存，屡奉明纶，俾之酌用，而当事者犹以道学封疆，持为铁案，毋亦深防其报复乎？然臣以为过矣。年来借东林媚崔、魏者，其人自败，何待东林报复？若不附崔、魏，又能攻去之，其人已乔岳矣，虽百东林乌能报复哉？臣又伏读圣旨，有“韩爌清忠有执，朕所鉴知”之谕。而近闻廷臣之议，殊有异同，可为大怪。爌相业光伟，他不具论，即如红丸议起，举国沸然，爌独侃侃条揭，明其不然。夫孙慎行，君子也，爌且不附，况他人乎！而今推毂不及，点灼横加，则徒以其票拟熊廷弼一事耳。廷弼固当诛，爌不为无说，封疆失事，累累有徒，乃欲独杀一廷弼，岂平论哉？此爌所以阁笔也。然廷弼究不死于封疆而死于局面，不死于法吏而死于奸珰，则又不可谓后之人能杀廷弼，而爌独不能杀之也。又如词臣文震孟正学劲骨，有古大臣之品，三月居官，昌言获罪，人以方之罗伦、舒芬。而今起用之旨再下，谬悠之谭不已，将毋门户二字不可重提耶？用更端以相遮抑耶？书院、生祠，相胜负者也，生祠毁，书院岂不当修复！